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早乙女博士は、ゲッターパイロットのナガレ龍馬に殺害されたように見えた後、死から戻ってきて、彼の究極の創造物であるシンドラゴンで世界を脅かしています。龍馬はしぶしぶ元副操縦士の神隼人、武橋知恵と組んで早乙女博士と戦う。パイロットはまた、人間を所有し、肉を歪ませて恐ろしい生き物を形成する能力を持つエイリアンである、神秘的な侵略者に対処しなければなりません。