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輝望高校に通う桜小路桜は、ある夜公園で手から青い炎を発し、人を燃え散らす少年の姿を目撃。 翌日、炎の真相を探る桜の前に転校生として現れた昨夜の少年・大神零の動向を追いかけるうち、桜は法では裁ききれない悪を裁く悪・「コード:ブレイカー」の存在を知る。 大神の殺人を止めようとする桜は、「コード:ブレイカー」の戦いに深く関わっていくこととなる。