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ゼロレクイエムが達成され、世界に平和が訪れてから1年後の光和2年。 ジェレミアとシャーリーの協力でルルーシュの遺体を受け取ったC.C.は、まだ果たされていないルルーシュとの約束を果たすべく、ルルーシュの遺体を復活させる。 しかし、継承の作業中、Cの世界に接続できなくなってしまったことでルルーシュの精神と肉体の再構築が不完全で終わってしまい、彼は幼児退行した状態で復活してしまう。 C.C.はルルーシュを連れ、中東地域のジルクスタン王国に存在するCの世界に接続できる可能性がある遺跡を目指す。