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ニートとしてオタク三昧な生活を送っていた青年・鑑純一郎は、妹の純音の根回しによって母校の高校で講師をすることになる。学校側の事情により短期間で解雇されてしまう純一郎だったが、彼のユニークな教育指導に目をつけた柊学園の理事長である柊暦からのスカウトを受けて分校の銀杏学園で教鞭を取ることになり、そこでも癖のある生徒たちを相手にして導いていくことになる。 2学期に入ると純一郎とは正反対の思考を持つ本校の校長・柊有栖が彼の前に現れ、彼女の考えに真っ向から対立した純一郎は本校の教育システムを作り直すべく、銀杏学園から選抜された生徒たちを引き連れて本校の班戦争に挑む。純一郎たち銀杏組は本校の様々な班や軍との勝負を勝ち抜き、後輩の時坂朋也との最終決戦の末、班戦争を制した。 班戦争から銀杏学園に戻ってきた純一郎の前に、彼にとって大切な存在だった玖遠重音の妹・那由他が現れる。純一郎は重音の死の原因が自分にあると憎しみを向けてくる那由他からゲームでの勝負を挑まれ、負けたら死ぬという状況の中で戦うことになる。そして純一郎の事情を知って参加を決めた生徒たちと最終戦に挑み、激戦の末に勝利した。それから時が流れ、純音たちは高等部を卒業することになった。