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物語の舞台は2005年の東京。デジタルワールドを冒険したかつての「選ばれし子供達」は、今では高校生と中学生へと成長し、進路や恋に悩みながらも、平凡な日々を送っていた。 そんなある日、お台場に突如クワガーモンが出現し、街を破壊し始める。何もできずに立ち尽くす太一だったが、デジヴァイスが光り輝きアグモンが現れる。さらに、黒服の大人たちに連れられ、同じくパートナーデジモンと再会を果たした「選ばれし子供達」が羽田空港に集結し、クワガーモンを撃退する。 黒服の男たちの正体は、各地で出現するデジタルワールドのゲートから出現するデジモン達の対策のため、ゲンナイからの協力を得ながら密かに活動する独立行政法人の人間であり、太一達の学校の非常勤講師の西島もその一人だった。彼らの調査によって、クワガーモンは何らかの理由により理性を失い凶暴化した「感染デジモン」であることが明かされる。