子供会のサマーキャンプに来ていた小学生の八神太一、武之内空、石田ヤマト、泉光子郎、太刀川ミミ、城戸丈、高石タケルの7人は突然の吹雪を他の子供たちから離れて、山にあった祠に隠れてやり過ごしていた。しかし、その祠の外に出た直後、日本で発生するはずのないオーロラを目撃、さらに謎の機械が降り注いだ。さらに7人の子供たちはその機械の謎の力で発生した大瀑布に吸い込まれ、気がつくと未知の場所にたどり着き、そこで自分たちを待っていたと言う「デジタルモンスター」と名乗る謎の生物たちと出会う。 そして子供たちとパートナーデジモンたちの、長くて短いひと夏の冒険が始まった。