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日常生活に退屈していた神原拓也は、弟・信也の誕生日の日に携帯電話から謎のメールを受け取り、その指示に従い同じメールを受け取った謎の少年と共に、渋谷駅の地下へ向かいトレイルモンに乗り込む。そして同乗していた織本泉、柴山純平、氷見友樹とともに未知の世界・デジタルワールドへとたどり着く。 だが到着した場所ではケルベロモンがデジコードを奪って暴れていた。その地に眠っていた炎のスピリットに選ばれ、拓也は炎の闘士・アグニモンへと進化、ケルベロモンを倒し、デジタマへ還した。 そこで出会ったボコモン&ネーモンとトレイルモンに同乗した3人、そして再会した謎の少年・源輝二と共にデジタルワールドを支配するケルビモンを倒すため、拓也達の冒険が始まった。