カードゲーム「バディファイト」のカードを通して様々な異世界と繋がった2030年頃[注 1]の地球。 異世界から現れるバディモンスターたちは己が選んだ人間・バディファイターとバディを組んで地球に滞在し、その存在はすっかり日常に馴染み深いものとなっていた。 バディレアを引き当ててバディファイターになることを夢見る相棒学園初等部6年生の未門牙王は、その常識外れな行動から異世界「ドラゴンワールド」のモンスター・武装騎竜ドラムバンカー・ドラゴンの目に留まり、彼とバディを組むことになる。 犯罪バディファイターを取り締まるバディポリスの少年・龍炎寺タスクをはじめとした多くのファイターと交流しながら、牙王とドラムは絆を深め、共に成長していく。
臥炎キョウヤの野望を打ち砕いた牙王とドラムは修行に出たタスクの代わりとしてバディポリス見習いとなり、学業とバディポリスの仕事で多忙の日々を送っていた。 あくる日、超東驚にイリーガル・モンスターと思わしき巨大な龍が出現する。龍は自らをドラゴンワールドの角王、五角竜王 天武と名乗り牙王とのファイトを通じ期待を寄せるようになる。 迫り来るは100体のイリーガル・モンスター軍団「百鬼」とそれらを統べる長イカヅチとそのバディヤミゲドウ。牙王とドラムは角王を集め、ヤミゲドウの覚醒を阻止するために戦いを始めた。
ある日、バディファイトの最新ブースターが発売される。なけなしの小遣いで引いたバディレアから現れた大きな卵。翌日孵化したのは太陽竜という全く新しい属性が詰まったカードの束と太陽の竜 バルドラゴンが牙王の新しいバディとなる。 最強のみ求める少年黒渦ガイトとそのバディ黒き死竜 アビゲールといったライバルと競い合い、バディファイター最強決定戦「ワールドバディチャンピオンカップ(WBC)」で世界一のバディファイターとなることを目標に牙王とバルは絆を深めていく。
ある日、牙王のもとにドラゴンワールドからセイントホーリーソード・ドラゴンことちびパンダが現れる。彼の話によると牙王は「ワールドバディマスターズ」のドラゴンワールド代表に選ばれたと伝えられる。今の牙王にはバディが不在となっていた。 新たなバディを求めドラゴンワールドに向かい、ある遺跡で謎の声の願いに応じて封印を解く。封印されていたのは一晩でドラゴンワールドを壊滅し尽くした忌むべきドラゴン、魔王竜 バッツであった。なんとかバディにできたもののやりたい放題を続けるバッツに振り回される日々を送るようになる。 今大会は多忙のため不参加を決めたタスクの代わりに彼の推薦を受け大宇宙カナタとそのバディ結晶竜 アトラがスタードラゴンワールド代表に選ばれ、全ワールドの代表選手が出そろった。時を同じくしてカオス・コントロール・カンパニーの世界をアップグレードするという野望が水面下で進行していた。
ある日、ぶんぶく師匠は最強のバディファイターを決めるトーナメント「牙王ガチンコ合戦」、略してGGGカップの開催を宣言し、彼が独断と偏見で選んだ8人のファイターに招待状が送られる。
