ネットワークゲーム「ガンプラバトル・ネクサスオンライン」 (GBN) が人気を博す世界。主人公のミカミ・リクは、GBN王者のクジョウ・キョウヤとそのライバル、ロンメルによるガンプラバトルを目の当たりにしたことから、GBNに魅了される。親友のユッキーことヒダカ・ユキオや同級生のヤシロ・モモカとともにGBNのプレイヤー「ダイバー」となったリクは、愛機のガンダムダブルオーダイバーを駆り、GBNでしか会えない謎の少女サラ、打倒キョウヤを目指す鬼人オーガ、徒手格闘を極めんとする人狼の格闘家タイガーウルフ、くノ一姿の少女アヤメ、凄腕ガンプラビルダーの妖狐シャフリヤールなど、さまざまな人物との出会いや冒険を経験する。やがて、リクたちは自分たちのフォース「ビルドダイバーズ」を結成し、仲間たちとともにガンプラを楽しみ、そして切磋琢磨するために活動を開始する。
ELダイバーをめぐる第二次有志連合戦で伝説的フォースとなった「ビルドダイバーズ」の活躍から2年後。ガンプラバトル・ネクサスオンライン (GBN)では、ログイン中のダイバーの感覚をディメンション上でフィードバックする新技術により、さらに臨場感のあるプレイが楽しめるよう進化していた。 高校生のクガ・ヒロトは、特定のフォースに属さず、ほかのフォースやダイバーに雇われて活動する傭兵ダイバー。イヴという少女を探してひとりディメンション内をさまようヒロトは、隠しミッションをプレイするためのメンバーを探していたカザミに勧誘され、女性ダイバーのメイ、人狐の少年ダイバーパルヴィーズとともに、フレディという犬のような姿をした少年の依頼を受けることになる。彼らは成り行きから「BUILD DiVERS」を名乗ることになり、フレディたち「山の民」の村を襲うヒトツメと呼ばれる敵と戦うことになる。
エルドラを再訪した「BUILD DiVERS」は、マサキを召喚した聖獣クアドルンと出会い、アルスがエルドラの先住民である「古き民」に生み出された防衛システムであること、「古き民」がいなくなったあとに生まれたフレディら後発の民族「新しき民」を侵略者と誤認して襲っている事実を知る。一方、アルスも「BUILD DiVERS」の再訪を知り、ヒロトの愛機「コアガンダム」を模倣した「アルスコアガンダム」で襲撃してくる。苦戦を強いられるヒロトは、過去の忌まわしい記憶とともに封印していた武装を使用してアルスを撃退。戦いのあと、仲間たちにイヴとの思い出を独白する。
