現代日本に突如として姿を現し、人々を襲う謎の生物・奇獣。その存在を、生物学者・番場宗介はかつて自身の両親を殺害した奇獣の手掛かりを得るため、猿楽製薬のエージェント・木村雅貴は会社の利益のため、それぞれ追い続けていた。やがて、奇獣の正体やその出自に深く関与している奇獣・影鰐の存在が明らかとなり、番場は木村が奇獣の細胞を基にクローンの影鰐を開発し、兵器転用を目論んでいることを知る。その直後、番場は奇獣による事故に巻き込まれて重傷を負うが、幼少期の頃に影鰐の襲撃で負った傷痕にわずかに残っていた影鰐の細胞と影鰐のクローンが共鳴し、彼と影鰐のクローンとの利害が一致して共生関係を結んだことにより一命を取り留め、影鰐の能力を得る。奇獣の兵器化を阻止するために木村を襲撃した番場は、謎の老女・シーロン・メイの忠告を背に、夜の都会へ姿を消す。