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西暦2009年、地球人類は戦争しか知らない巨人型異星人ゼントラーディと遭遇し、のちに「第一次星間大戦」と呼ばれる史上初の星間戦争により滅亡の危機に瀕する。アイドル歌手リン・ミンメイの歌をきっかけに、文化に目覚めた一部のゼントラーディと共存することになった地球人類は、種の存続のため銀河各方面への移民を開始し、メガロード級移民船に続き、100万人規模の新マクロス級超長距離移民船団を続々と送り出していった。
