自称平凡な小学3年生、高町なのはは助けを求める声に導かれ、不思議なフェレットが負傷し倒れているところを発見、保護する。その夜、再び声が響きフェレットを預かっている動物病院に向かうとそこで異形の怪物がフェレットと対峙する場面に出くわす。彼の正体は異世界ミッドチルダからやってきた少年ユーノ・スクライアだった。 彼がこの世界に来た理由。それは彼が発掘したロストロギア（異世界に存在した高度な魔法技術の遺産）「ジュエルシード」が散らばってしまったためであった。成り行きから事情を知ったなのはは、ユーノと共にジュエルシードを集め、封印する手伝いをすることになる。そして次第になのははユーノだけではなく、自分のために魔法の世界に関わっていく決意を固め、その秘めた力を開花させていく。
次元世界を揺るがした「PT事件（プレシア・テスタロッサ事件）」からおよそ半年後の12月。高町なのはは戦いを通じて得た絆を胸に魔法の訓練を続けていた。 ある夜、そんな彼女の下に「所属不明の魔導師が急速接近中」との警告が響く。不穏なものを感じながらも、それを迎えるべく家を出るなのは。それが、後に「闇の書事件」と呼ばれるある冬の悲しくも優しい出来事の幕開けだった。
「闇の書事件」（第2期『A's』）から10年後の新暦0075年。19歳になった高町なのは、フェイト・T・ハラオウン、八神はやての3人は、育まれた絆を胸に、それぞれの夢を追うべく時空管理局に所属。一流の魔導師として活躍していた。 そんな中で新たに発見されたロストロギア「レリック」とそれを狙う謎の機械兵器「ガジェットドローン」の出現。「レリック事件」と呼ばれるそれらの状況に対応するため、はやては迅速に対応できる部隊が必要だと思い、ロストロギア関連の任務を扱うための部隊設立に動き、それが「機動六課」として結実する。 一方、遡ること4年前。スバル・ナカジマは空港火災に巻き込まれた際、なのはによって命を救われる。自身の理想を体現したかのような彼女に憧れたスバルは、満天の星の下、管理局の魔導師になることを決意する。 それから4年経ち、紆余曲折の末に晴れて管理局魔導師として2年の実績を積んだスバルは、訓練校時代からのコンビパートナー、ティアナ・ランスターと共に魔導師の昇格試験に挑んでいた。それを見つめるのは「機動六課」の有望な人材として二人に目をつけたはやてとフェイト、そしてなのは。3人が見つめる中、試験開始を告げるリインフォースII（ツヴァイ）とともに『StrikerS』の物語が幕をあける。
新暦0079年（「JS事件」から4年後）、高町なのはの娘となった高町ヴィヴィオは、ごく普通の少女として魔法学院に通い勉強をする傍ら、ストライクアーツ競技者としての鍛錬も行っていた。魔法の基礎も出来てきたと判断したなのはとフェイトは、ヴィヴィオに専用デバイス「セイクリッド・ハート（通称クリス）」を贈り、いたずらに使わないという条件で大人モード（聖王モード）に変身することもできるようになった。 一方そのころ、ミッドチルダでは覇王イングヴァルトを自称する謎の人物が腕に覚えのある格闘家に野試合を申し込み、徹底的に叩きのめすという傷害事件が頻発していた。
惑星エルトリアでは死触という汚染が進みエルトリアに住んでいた人々は宇宙に退避していたが、フローリアン家は星を回復しようと研究を続けるもその柱であるグランツは病に伏せていた。 グランツの娘のキリエは遺跡で出会ったイリスと共に、引き留めようとする姉のアミティエを制して父と星を治すことができるとイリスが言う「永遠結晶」とそれを使うための「夜天の書」を手に入れるために地球へと向かった。 そのとき地球では高町なのはが友達のフェイトらと共に、海で見つけた巨大な結晶を目玉として建設した遊園地オールストン・シーで遊んでいた。 はやては遅れてオールストン・シーに向かうが、道中でイリスに「夜天の書」を奪われてしまう。 その後にキリエになのはとフェイト襲われるが、キリエを止めに来たアミティエの助太刀もあって追い返すことに成功した。 イリスは奪った夜天の書からなのは、フェイト、はやてをそれぞれもとにしてシュテル、レヴィ、ディアーチェを召喚し、キリエと共に「永遠結晶」を手に入れるためオールストン・シーに向かう。 オールストン・シーでなのは達管理局側はとイリスたちと交戦するもイリスとキリエは永遠結晶へとたどり着いた。 しかし、永遠結晶には星と父を治す力はなくキリエは騙されていたことをイリスから告げられキリエは攻撃を受ける。 そして管理局員の力を吸収したイリスは武装し永遠結晶の中で眠っていたユーリを目覚めさせ、ウイルスプログラムで操りフェイト達を襲わせた。 フェイト達は窮地に陥るが、なのはがアミティエからもらったナノマシンで強化された力でユーリを砲撃し助けに入る。 次作の魔法少女リリカルなのは Detonationに続く。
