お友達ロボット・メダロットが大流行している時代。小学生の天領イッキは、今時メダロットを持っていない珍しいヤツとして見られていた。しかし、川べりで見つけたカブトメダルを拾い、念願のKBT型メダロット・メタビーを手に入れるが、メタビーはマスターの言うことを聞かないという非常に珍しいメダルだった。 破天荒なメタビーに振り回されつつ、イッキは幼なじみのアリカ、良きライバルのコウジ、お嬢様のカリンといった仲間たちとの友情を深めていく。 同時に、レアメダルを探すロボロボ団や怪盗レトルトの暗躍に巻き込まれたり、相方となるマスターが不在のロクショウとの出会いなど、破天荒な日常を繰り広げて行く。
コクリュウを社長とする新進企業が生み出した、新しいメダロット「デスメダロット」。メダロット社に対する反発ともいえるデスメダロットは、ただロボトルに勝利することのみを目的とした攻撃的な存在であった。また、デスメダロットには通常のメダロットにあった人間じみた感情が全くなく、イッキとメタビーのような絆など持ち合わせていない。しかし、子供たちはやがてデスメダロットの戦闘力に魅せられていく。 そんな状況でも今までどおりのロボトルを続けるイッキとメタビーだったが、デスメダロットにはメタビーの切り札ともいえるメダフォースが全く効かないという特殊な装甲を装備するなど、兵器同然の恐るべき能力が隠されまるで歯が立たない。 だが、メカニックのナエの協力と彼女がもたらした新型ボディーにより、イッキたちはロボトルを正々堂々と戦うことを決意する。そして謎のメダロッターの登場や、デスメダロットに魅了されたびたびイッキたちとロボトルを繰り広げていたギンカイの改心もあり、デスメダロッターを徐々に追い詰めていく。
