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身体能力を向上させる強化外骨格ギアを身に着けたボクサーたちによる格闘技メガロボクスが人気を博す近未来。超近代的な摩天楼が屹立する「認可地区」と、市民IDを持たない貧民が生きる「未認可地区」という2つのゾーンを抱えたとある都市では、白都コンツェルンの後継者白都ゆき子が旗振り役となり、メガロボクス世界王者を決定する一大イベントメガロニアが開催されようとしていた。 時を同じくして、非合法地下闘技場のメガロボクサーであるジャンクドッグは、強すぎるがゆえに相棒の南部贋作に八百長試合を強いられる鬱屈した日々を送っていた。しかしジャンクドッグは、ゆき子お抱えの最強メガロボクサー勇利と図らずも出会い、地下試合で敗北したことを契機に、メガロニアへの出場を決意。ジャンクドッグは市民IDにジョーという新しい名を手に入れ、借金で首が回らず腹を括った南部や、個人的な事情から協力を申し出た孤児のサチオを伴い、チーム番外地として勇利へのリベンジを果たすために動き出す。