宇宙世紀0079年。オーストラリアに暮らす3人の少年少女、ヨナ、ミシェル、リタは、ジオン公国軍のコロニー落としを事前に察知し、多くの人々を避難させて命を救った。3人は「奇蹟の子供たち」と呼ばれるが、身寄りをなくした彼らはその能力に着目した地球連邦軍により、一年戦争終結後には特殊な施設に入れられる。そこはティターンズが管理する強化人間の実験施設であり、過酷な実験に供されて死んでいく子どもたちを目の当たりにした3人は、ミシェルを中心に施設からの脱出を企てる。しかし、それは結果的にリタを施設に売り渡すことになってしまったため、ヨナとミシェルは拭いようもない罪悪感を抱えながら施設を後にする。その後、ヨナは過去を隠蔽して連邦軍に入隊し、ミシェルはルオ商会の社長であるルオ・ウーミンの養子として引き取られた。そしてリタは、ニュータイプの能力を解き明かすための実験体として施設に残された。