かつて人類と堕天翅（だてんし）族との間で争われた大戦。“殺戮の天翅”として人類から恐れられていたアポロニアスは人間の戦士・セリアンとの恋に墜ち、堕天翅族を裏切り人類の側についた。囚われの身となったアポロニアスはかつて婚約者だった頭翅の目の前で自ら翅を引き千切り、彼を救出するため侵入していたセリアンを庇った。 大戦が神話となってから1万2千年後、地球環境の大変動により復活した堕天翅は再び人類の敵として立ち塞がった。堕天翅たちは荒廃したアトランディアの復興に必要なプラーナ収集のため、収穫獣により人類を拉致していた。地球が荒廃する中、エレメント能力という特殊能力を持った子供たちが次々に誕生する。人類は堕天翅と再び戦うため、「創聖の書」に記された伝説の機械天使「アクエリオン」を発掘する。
アポロ、シリウス、頭翅の三人による「創聖合体」によって地球が救われてから、1万2千年後の世界。 人類は「アルテア界」と呼ばれる異界から送られてくる巨大兵器「アブダクター」の脅威に晒されていた。アルテアでは「イヴの呪い」と呼ばれる現象によって女性が生まれなくなり、絶滅の危機に瀕した彼らは、種の存続のため地球（ヴェーガ）へと侵攻し女性を攫っていた。 アブダクターと戦うために「ネオ・ディーバ」の所有する伝説の機械天使「アクエリア」によって対抗していたが、過去に起こった事故以来、男女エレメントによる合体は禁じられていたため、アクエリアの本来の力を発揮出来ず苦戦を強いられていた。 ある日、空飛ぶエレメント能力を持った少年アマタは、一目惚れした少女ミコノとのデートの最中に戦闘に巻き込まれ、二人は偶然アクエリアに乗り込むこととなる。そして真の名である「アクエリオン」を叫んだ時、3機のベクターは禁断の男女機合体によって封印されていた機械天使「アクエリオンEVOL」を覚醒させた。
はるか神話の時代、人が生み出した「文字」と「真理」の間のわずかな乖離から発生した異世界「ロゴスワールド」。それは、現代においてはネット社会の急速な発展により絵文字などの「意味を成さない文字」が増加したことで、その領域を急速に拡大させつつあった。
