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今から半世紀前、戦時下に活躍した稀代の陰陽師・土御門夜光は禁呪である儀式「泰山府君祭」を執り行うもこれに失敗、そして、これ以降東京に霊災と呼ばれる災害が起こる原因を作った────。 時は流れ、東京で頻発する霊災を祓うべく陰陽師が活躍する現代。陰陽道の名門・土御門の分家にあたる血筋にも関わらず、霊気を感じ取る「見鬼」の才を持たない土御門春虎は、陰陽師になる道を諦め、友人の阿刀冬児や北斗と共に平凡な高校生活を送っていた。 そんなある日、春虎は土御門家次期当主にして幼馴染の土御門夏目と再会する。その直後に国家一級陰陽師・大連寺鈴鹿の起こした事件に巻き込まれて、春虎をかばった北斗が命を落とす。北斗が人間ではなく式神であったことを知った春虎は、北斗を操っていた術者に会うことを望み、夏目の式神として陰陽師への道へ進むことを決意する。