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西暦2199年。地球は異星国家「ガミラス」と数年にわたる星間戦争を行っていった。圧倒的な軍事力を持つガミラスに防衛艦隊は壊滅寸前へ陥り、地球は遊星爆弾を用いた爆撃によって地上が壊滅し汚染され、人類は地下都市へ追いやられる。地表の汚染は地下都市にも達し始めており、人類絶滅まで1年と迫っていた。 そんな中、地球はガミラスとは異なる異星人の惑星「イスカンダル」からの技術供与を受け、恒星間航行可能な宇宙戦艦「ヤマト」を完成させる。そして、イスカンダルに存在する汚染浄化システム「コスモリバースシステム」を受け取るため、艦長沖田十三の下、古代進・島大介・森雪ら乗組員を乗せたヤマトは、16万8千光年彼方の大マゼラン銀河のイスカンダルへ、往復33万6千光年の旅に臨むことになる。